Папи розуміли, що переможені єресі можуть легко відновитися. Для боротьби з ними було вжито серйозних заходів.
Усім мирянам заборонили мати, читати і навіть більше —тлумачити Біблію. Тільки люди, що здобули церковну освіту, могли це робити.
У єпископствах створювалися спеціальні постійні комісії, які повинні були розслідувати будь-які прояви єресі, допитувати і засуджувати єретиків. За цими комісіями згодом закріпилася назва інквізиційних трибуналів (лат. inquisitio — розслідування). Інквізиторам дозволялося застосовувати тортури, щоб домогтися від єретиків зізнання у найстрашніших гріхах, після чого їх привселюдно спалювали на вогнищі.
Але від багатьох єретиків неможливо було домогтися каяття навіть під тортурами. Релігійні переконання як католиків, так і єретиків вирізнялися фанатизмом: люди були абсолютно переконані в тому, що тільки їхня віра є правильною.
Попри всі зусилля, викоренити єресі церква не змогла. Єретики стали обережнішими і ще більше переконаними у своїй правоті.